Z powodu zakwalifikowania substancji zatrzymanych w separatorach, jako substancji niebezpiecznych, kod 19 08 03 (Rozporządzenie MOŚZNiL z 24.12.97 Dz. U. nr 162 poz. 1135) serwisowanie może być prowadzone wyłącznie przez firmę posiadającą zezwolenie właściwych organów ochrony środowiska.

Separatory powinny być regularnie kontrolowane, opróżniane i czyszczone. Należy zwrócić uwagę na krajowe lub miejscowe przepisy w zakresie odprowadzania ścieków. Częstotliwość kontroli, opróżniania i czyszczenia powinna być zależna od objętości magazynowej separatora lub osadu w osadniku i być zgodna z doświadczeniami eksploatacyjnymi.

• częstotliwość opróżniania zależy od ilości ścieków do obróbki
• przedział odmulacza musi być opróżniany regularnie, minimum 4x w roku
• jeśli nie było przypadkowego przelewu węglowodorów, przedział separatora musi być opróżniany raz w roku
• po każdym opróżnieniu urządzenia należy ponownie napełnić separator wodą
  

Właściciel instalacji zobowiązany jest do bieżącej konserwacji posiadanego urządzenia. Obejmuje ona:

1. Jeśli posiadany model wyposażony jest we wkładkę koalesencyjną zalecane jest sprawdzenie zabrudzeń filtrów koalescencyjnych - użytkownik powinien sam od czasu do czasu wymyć je strumieniem wody.
2. Sprawdzanie stanu zabrudzenia automatycznego zamknięcia odpływu, jakim jest pływak. Brak systematycznej konserwacji pływaka może doprowadzić do całkowitego zamknięcia odpływu ścieków z separatora i to w najmniej dogodnym dla użytkownika momencie. Tego typu awarii nie da się przewidzieć, dlatego tez niezmiernie ważną sprawą jest systematyczne sprawdzanie stanu zabrudzenia tej części separatora. Pływak, który nie jest czyszczony, może zwiększyć swój ciężar w właściwy, co w konsekwencji spowoduje, że odpływ z separatora zostanie zamknięty.